Разграничење са Аустријом

Делегација Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца, руковођена Цвијићевом етничком картом, предложила је Комисији граничну линију са Аустријом, која би обухватала целу Крањску, јужне делове Корушке и Штајерске, Целовец и Бељак. Међутим, Територијална комисија проценила је да би усвајањем тог захтева знатан део немачког становништва припао Краљевини Срба, Хрвата и Словенаца. У пролеће 1919. године Територијална комисија је предложила да се спроведе плебисцит у градовима Целовец и Бељак, што је и делегација Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца прихватила. На плебисциту је учествовао и сам Цвијић.

У мају 1919. године Територијална комисија предложила је да се Корушка подели на зону А и зону Б, с тим што би се касније становништво изјаснило на плебисциту. Зона А и зона Б биле су раздвојене Врбским језером. На југу тог језера била је зона А, са варошицама Боровље, Великовец, Плиберк, Лабуд, Гребињ и Железна Капла, и у тој зони била је управа и војска Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца, док је северно од Врбског језера била зона Б са Целовцем (данашњим Клагенфуртом) у којем је била аустријска администрација и војска.

Према Сен Жерменском уговору, организацијом и спровођењем плебисцита руководила је међународна комисија у којој су били представници заинтересованих држава. Влада Краљевине Срба, Хрвата и Словенаца именовала је Јована Цвијића за председника делегације Краљевине, док је на предлог Дежелне владе у Љубљани, Цвијић именован за делегата при Плебисцитној међународној комисији за плебисцит у Корушкој.

Због обавеза које је обављао на Универзитету у Београду, Цвијић није боравио у Словенији, већ је телеграфски био у сталном контакту са Љубљанском владом. У међувремену, укинута је демаркациона зона, тако да је Цвијић изнео протесну ноту, сматрајући овај чин штетним за Краљевину Срба, Хрвата и Словенаца. Комисија је усвојила предлоге које је упутио српски научник, те је демаркациона зона остала до плебисцита. Након решења проблема са демаркационом линијом, појавио се проблем са издавањима личних докумената које је издавала локална власт.

Цвијић је сматрао да ће ово неповољно утицати на резултате плебисцита због доласка великог броја Немаца, те је одмах обавестио Владу. Због обима посла, Цвијић је упутио молбу Влади да му се доделе помоћници. На место заменика постављен је генерал Јован М. Јовановић, који га је заменио након што је Цвијић поднео оставку на чланство у Комисији, 5. августа 1920. године. Након ове одлуке, српски научник је отишао на екскурзију на Пастерце, приликом које је добио јаке нападе жучи, те је пребачен у Карлове Вари у Чешкој (тадашња Чехословачка). Становништво Корушке се плебисцитом изјаснило за Аустрију, а Јован Цвијић је исход плебисцита сазнао у Карловим Варима.