Ректор Универзитета у Београду

Током рада на Универзитету Цвијић је био доста ангажован и као уважени научник и наставник и као административни радник. Постављен је два пута за ректора Универзитета и то за школску 1906/07. и 1919/20. годину. У првом мандату био је први ректор тек формираног Универзитета. Залагао се за модернизацију наставе, редовно одржавање предавања и поштовање наставних програма, као и за развијање семинара. Запазио је да поједини професори избегавају своје радне обавезе, те је захтевао стриктно одржавање наставе према утврђеном плану и програму. Професорима који нису извршавали наставничке обавезе издавао је писмене опомене. Само на Правном факултету казнио је шест професора. Један од кажњених професора био је и државни службеник па је читав проблем доспео и у штампу. Незадовољни професори су се жалили на ректора да контролу врши на сасвим некоректан начин, шаљући послужитеље у учионице да се увере да професори држе наставу.  Други проблем који је Цвијић уочио у настави је да су поједини професори држали иста предавања и у првој, и у другој и трећој години. Да би успео у својој намери, личним примером је својим колегама показивао поштовање правила наставног процеса. Сам је изводио предавања из неколико предмета и активно учествовао у раду Географског семинара. На Светосавској прослави на Универзитету, 14. јануара 1907. одржао је ректорски говор О научном раду. Прослави су присуствовали престолонаследник Александар I Карађорђевић, професори Универзитета, студенти и многобројни гости. Цвијић је говорио око сат времена и саслушан је са највећом пажњом присутних.  У свом говору је изнео слику научног рада у Србији. Свој говор је завршио следећим речима: Партизанска политика која се на Унивезитету шири онако исто као и у нашем унутрашњем животу, и што је најгоре подстицај томе убиственоме, нетрпељивом партизанлуку долази са стране, из појединих политичких партија, које на неки начин, имају своје партизанске филијале у политичким клубовима универзитетске омладине. А затим је бираним речима позвао омладину да прионе окосвоје научне опреме. Ректор Цвијић је био одушевљено поздрављен уз узвике живео. О овом догађају дневни лист Политика је сутрадан известила јавност: Господин Цвијић је говорио о научном раду, па је онда из те уже теме, прешао на ону већу, на рад уопште. И све његове речи, цео тај говор изванредан по дубини мисли и по патриотском полету, био је једна веома апотеоза раду, као једином средству, којим се народи дижу на виши ступањ и осигуравају своју будућност. Рад, рад, рад – та реч звонила је јуче као велико звоно кроз Универзитетску салу и сви слушаоци, грађани, универзитетски професори и гости фасцинирани том речитошћу која не тражи спољне ефекте, већ иде право у срж саме ствари.

Дужност ректора у другом мандату је прихватио у веома тешким околностима у којима се налазила држава након Првог светског рата. Залагао се за реорганизацију опустошеног и порушеног Универзитета и за изједначавање уредаба и закона за све универзитете у новоствореној Краљевини Срба, Хрвата и Словенаца.  Обновљен је рад факултета који су радили пре Првог светског рата, а основнао је и пет нових: Пољопривредни, Медицински и Богословски факултет у Београду, Правни факултет у Суботици и Филозофски факултет у Скопљу. Прикупљао је материјална средства за оснивање Универзитетске библиотеке и штампање уџбеника. Првенствено је радио на побољшању материјалног стања студената јер су у то време студенти често демонстрирали и штрајковали. У јесен 1919. и пролеће 1920. године отворене су мензе за суденте на месту некадашњих војних барака, а многе зграде су претворене у студентске домове. Захтеви студената су испуњени, делом због чињенице, да је Миша Трифуновић, ондашњи министар просвете, био Цвијићев пријатељ. Код Министарског савета је издејствовао да се Универзитету у Београду за 580.000 динара откупи земљиште и уступи зграда Археолошког музеја на коме је подигнута прва привремена зграда Универзитета. Из Карнегијевог фонда добио је суму од 100.000 долара за зидање Универзитетске библиотеке у Београду, која је подигнута на месту где се налазило тркалиште. Такође, у време другог мандата је од Мис Олив Келсо добио суму од 500.000 динара за оснивање Аустралијске задужбине у оквиру које би радио Институт за антропогеографију, социологију и економију. Мис Келсо је за време Првог светског рата била на Солунском фронту где је упознала доста представника српског народа и том приликом одлучила да помогне нашој држави. Истоврмено је упознала и Дагласа Џонсона, професора на Колумбија универзитету, који је познавао Цвијића и његов рад. Он је у разговорима са Мис Келсо помињао Цвијићева истраживања насеља и порекло становништва нашег народа и веома ју је заинтересова, те je после Великог рата дошла у Београд и посетила Цвијића с којим је постигла договор о оснивању Аустралијске задужбине.